令和8年度税制改正の大綱　医療機関編

昨年12月に、令和8年度税制改正の大綱が閣議決定されました。今回はこの中から、医療機関の経営に関する主な項目を取り上げます。

医療機関の経営に関連する主な税制改正案は、次のとおりです。

医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予制度等について、その適用期限を令和11年12月31日まで延長する。

医療機関の開設者が、医療介護総合確保法に規定する認定再編計画に基づく医療機関の再編に伴い取得した、一定の不動産に係る登録免許税及び不動産取得税の軽減措置について、適用期限を2年延長し、令和10年3月31日までとする。

重点的に医師の確保を図る必要がある区域のうち、一定の区域内で承継又は開設する一定の要件を満たす診療所の用に供する一定の不動産に係る登録免許税及び不動産取得税を軽減する措置を創設し、当該措置を令和10年3月31日まで講ずる。

1. 物価高への対応
   昨年度に引き続き、基礎控除の引き上げ（所得税のみ）、給与所得控除の最低保障額の引き上げなどが行われる。これらに伴い、扶養親族等の合計所得金額要件などの引き上げも行われる。
   また、物価の上昇を踏まえ、税制における長年据え置かれたままの基準額の点検を行い、食事支給やマイカー通勤の通勤手当に係る所得税非課税限度額等の見直しも行われる。
2. 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例措置の拡充・延長等
   中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例について、従業員要件を400人以下（現行：500人以下）に引き下げるとともに、対象となる減価償却資産の取得価額を40万円未満（現行：30万円未満）に引き上げた上で、その適用期限を3年延長する。
3. 法人版・個人版事業承継税制の見直し
   事業承継税制の特例措置について、計画の提出期限を次のとおり延長する。
   1. 法人版：特例承継計画の提出期限を1年6ヶ月延長
   2. 個人版：個人事業承継計画の提出期限を2年6ヶ月延長

検討事項としては、以下の項目が引き続き掲げられています。

1. 社会保険診療報酬に係る非課税措置の存続〔事業税〕
2. 医療法人の社会保険診療報酬以外部分に係る軽減措置の存続〔事業税〕

［参考］
財務省「令和8年度税制改正の大綱」
厚生労働省「令和8年度厚生労働省関係税制改正について」